ประวัติความเป็นมาของจังหวัดสตูลในสมัยก่อนกรุงศรีอยุธยา และในสมัยกรุงศรีอยุธยาไม่ปรากฏหลักฐานกล่าวไว้ ณ ที่ใด สันนิษฐานว่าในสมัยนั้น ไม่มีเมืองสตูล คงมีแต่หมู่บ้านเล็ก ๆ กระจัดกระจายอยู่ตามที่ราบชายฝั่งทะเล
          ในสมัยต้นกรุงรัตนโกสินทร์ สตูลเป็นเพียงตำบลหนึ่งอยู่ในเขตเมืองไทรบุรี ฉะนั้นประวัติความเป็นมาของจังหวัดสตูล จึงเกี่ยวข้องกับเรื่องราวของเมืองไทรบุรี ดังปรากฎในหนังสือพระราชพงศาวดารกรุงรัตนโกสินทร์ รัชกาลที่ ๒ ว่า "ตามเนื้อความที่ปรากฏดังกล่าวมาแล้ว ทำให้เห็นว่าในเวลานั้น พวกเมืองไทรเห็นจะแตกแยกกันเป็นสองพวก คือ พวกเจ้าพระยาไทรปะแงรันพวกหนึ่ง และพวกพระยาอภัยนุราชคงจะนบน้อมฝากตัวกับเมืองนครศรีธรรมราช โดยเฉพาะเมื่อพระยาอภัยนุราชได้มาเป็นผู้ว่าราชการเมืองสตูล ซึ่งเขตแดนติดต่อกับเมืองนครศรีธรรมราช พวกเมืองสตูลคงจะมาฟังบังคับบัญชาสนิทสนมข้างเมืองนครศรีธรรมราชมากกว่าเมืองไทร แต่พระยาอภัยนุราชว่าราชการเมืองสตูลได้เพียง ๒ ปี ก็ถึงแก่อนิจกรรม ผู้ใดจะได้ว่าราชการเมืองสตูล ต่อมาในชั้นนั้นหาพบจดหมายเหตุไม่ แต่พิเคราะห์ความตามเหตุการณ์ที่เกิดขึ้นภายหลัง เข้าใจว่าเชื้อพระวงศ์ของพระอภัยนุราช (ปัศนู) คงจะได้ว่าราชการเมืองสตูลและฟังบังคับบัญชาสนิทสนมกับเมืองนครศรีธรรมราชอย่างครั้งพระยาอภัยนุราชหรือยิ่งกว่านั้น"
          เรื่องเกี่ยวกับเมืองสตูลยังปรากฎในหนังสือพงศาวดารเมืองสงขลา แต่ข้อความที่ปรากฎบางตอนเกี่ยวกับชื่อผู้ว่าราชการเมืองสตูล ไม่ตรงกับพระราชพงศาวดารกรุงรัตนโกสินทร์ รัชกาลที่ ๓ ประวัติเกี่ยวกับเมืองสตูลในการจัดรูปแบบการปกครองเมือง ตามระบอบมณฑลเทศาภิบาลว่า ในปี พ.ศ. ๒๔๔๐ ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้รักษาเมืองไทรบรี เมืองเปอร์ลิส และเมืองสตูลเป็นมณฑลเทศาภิบาล เรียกว่า "มณฑลไทรบุรี" โปรดเกล้าฯ ให้เจ้าพระยาไทรบุรีรามภักดี เจ้าพระยาไทรบุรี (อับดุลฮามิต) เป็นข้าราชการเทศาภิบาลมณฑลไทรบุรี เมืองสตูลได้แยกจากเมืองไทรบุรีอย่างเด็ดขาด ตามหนังสือสัญญาไทยกับอังกฤษเรื่องปักปันเขตแดนระหว่างไทยกับสหพันธรัฐมาลายู ซึ่งลงนามกันที่กรุงเทพฯ เมื่อวันที่ ๑๐ มีนาคม ร.ศ.๑๒๗ (พ.ศ. ๒๔๕๒) จากหนังสือสัญญานี้ยังผลให้ไทรบุรีและปลิสตกเป็นของอังกฤษ ส่วนสตูลคงเป็นของไทยสืบมาจนถึงปัจจุบัน
เมื่อปักปันเขตแดนเสร็จแล้ว ได้มีพระราชโองการโปรดให้เมืองสตูลเป็นเมืองจัตวารวมอยู่ในมณฑลภูเก็ต เมื่อวันที่ ๖ สิงหาคม ร.ศ.๑๒๘ (พ.ศ. ๒๔๕๓)
         ในปีพุทธศักราช ๒๔๗๕ ประเทศไทยเปลี่ยนแปลงการปกครองเป็นระบอบประชาธิปไตย เมืองสตูลก็มีฐานะยกเป็นจังหวัดหนึ่งอยู่ในราชอาณาจักรไทยสืบต่อมาจนถึงกระทั่งทุกวันนี้ คำว่า"สตูล" มาจากคำภาษามาลายูว่า "สโตย" แปลว่ากระท้อน อันเป็นผลไม้ชนิดหนึ่งที่ขึ้นอยู่ชุกชุมในท้องที่เมืองนี้ ซึ่งต่อมาได้รับการตั้งสมญานามเป็นภาษามาลายูว่า "นครสโตยมำบังสการา (Negeri Setoi Mumbang Segara) " หรือแปลเป็นภาษาไทยว่า สตูล เมืองแห่งพระสมุทรเทวา  ดังนั้น "ตราพระสมุทรเทวา" จึงกลายเป็นตราหรือสัญลักษณ์ของจังหวัดมาตราบเท่าทุกวันนี้
           จังหวัดสตูล แม้จะอยู่รวมกับไทรบุรีในระยะเริ่มแรกก็ตาม แต่จังหวัดสตูลก็เป็นจังหวัดที่มีดินแดนรวมอยู่ในประเทศไทยตลอดมา ระยะแรก ๆ จังหวัดสตูล แบ่งเขตการปกครองออกเป็น ๒ อำเภอ กับ ๑ กิ่งอำเภอ คือ อำเภอมำบัง อำเภอทุ่งหว้า และกิ่งอำเภอละงู ซึ่งอยู่ในการปกครองของอำเภอทุ่งหว้า ต่อมาปี พ.ศ. ๒๔๘๒ ได้เปลี่ยนชื่ออำเภอมำบังเป็นอำเภอเมืองสตูล สำหรับอำเภอทุ่งหว้า ซึ่งในสมัยก่อนนั้นเจริญรุ่งเรืองมาก มีเรือกลไฟจากต่างประเทศติดต่อ ไปมาค้าขายและรับส่งสินค้าเป็นประจำ สินค้าสำคัญของอำเภอทุ่งหว้า คือ "พริกไทย" เป็นที่รู้จักเรียกตามกันในหมู่ชาวต่างประเทศว่า"อำเภอสุไหวอุเป " ต่อมาเมื่อประมาณปี พ.ศ. ๒๔๕๗ การปลูกพริกไทยของอำเภอทุ่งหว้าได้ลดปริมาณลง ชาวต่างประเทศที่เข้ามาทำการค้าขายต่างพากันอพยพกลับไปยังต่างประเทศ ราษฎรในท้องที่ก็พากันอพยพไปหาทำเลทำมาหากินในท้องที่อื่นกันมาก โดยเฉพาะได้ย้ายไปตั้งหลักแหล่งที่กิ่งอำเภอละงูมากขึ้น ทำให้ท้องที่กิ่งอำเภอละงูเจริญขึ้นอย่างรวมเร็ว และในทางกลับกัน ทำให้อำเภอทุ่งหว้าซบเซาลง
           ครั้งถึง พ.ศ. ๒๔๗๓ ทางราชการพิจารณาเห็นว่ากิ่งอำเภอละงูเจริญขึ้น มีประชากรอาศัยอยู่หนาแน่นกว่าอำเภอทุ่งหว้า จึงได้ประกาศยกฐานกิ่งอำเภอละงูเป็นอำเภอ เรียกว่า อำเภอละงู และยุบอำเภอทุ่งหว้าเดิมเป็นกิ่งอำเภอทุ่งหว้า เรียกว่า กิ่งอำเภอทุ่งหว้า ขึ้นอยู่ในการปกครองของอำเภอละงู ต่อมาในปี พ.ศ. ๒๕๑๖ กิ่งอำเภอทุ่งหว้าจึงได้รับสถานะเดิมกลับคืนมาเป็นอำเภอทุ่งหว้า
ปัจจุบันจังหวัดสตูล แบ่งการปกครองออกเป็น ๗ อำเภอ คือ
            ๑. อำเภอเมืองสตูล
            ๒. อำเภอละงู
            ๓. อำเภอควนกาหลง
            ๔. อำเภอทุ่งหว้า
            ๕. อำเภอควนโดน
            ๖. อำเภอท่าแพ
            ๗. อำเภอมะนัง